Ved inntak av store mengder: østrogenlignende effekter (oppblåsthet, ømhet i brystet, uregelmessige menstruasjoner, redusert kjønnsdrift, vektøkning, humørsvingninger) ,  utslett,   muskelsmerter, hodepine, kvalme.  

Rødkløver bør unngås under graviditet og amming, da effekten er ukjent.

Rødkløver har i seg selv ingen blodfortynnende virkning, men kumarinene som finnes i urten kan ved gjæring under tørkingen omdannes til dikumarol, som er en blodfortynner. Derfor bør samtidig bruk av store mengder rødkløver og blodfortynnende medisiner unngås. Rødkløver bør av samme grunn også unngås rett før og etter operasjoner.

Kvinner som tar P-piller eller annen hormonbehandling, bør konsultere lege før de begynner å bruke rødkløver, da det er en teoretisk mulighet for at østrogenvirkningen til rødkløver kan forstyrre virkningen til hormonpreparater som inntas samtidig. Personer som er allergiske for peanøtter bør kanskje unngå rødkløver, da disse to plantene er i slekt med hverandre. Hos husdyr som har spist store mengder rødkløver er det observert manglende fertilitet, men denne bivirkningen kan neppe overføres til menneskelige forhold. Denne effekten har blitt knyttet til innholdet av isoflavoner med østrogenvirkning, særlig.