Selv om folk har brukt gjetertaske i århundrer, og det i moderne medisinsk litteratur ikke foreligger rapporter om alvorlige bivirkninger ved bruk av moderate mengder av urten, er det ennå mange ubesvarte spørsmål knyttet til urtens sikkerhet. Studier på mus tyder imidlertid på at giftigheten er liten. Den kanskje største risikoen knyttet til bruk av urten, er at ved å stole på gjetertaske til behandling av alvorlige sykdommer, kan man forhindre den profesjonelle medisinske hjelpen som trengs i slike tilfeller. Kraftige, langvarige og uventede menstruasjonsblødninger eller livmorblødninger bør alltid undersøkes av lege, det samme gjelder hvis man har blod i urinen, avføringen eller i oppkast.

Da gjetertaske kan påvirke livmoren, bør urten ikke brukes under graviditet og amming, men virkningen er i denne sammenhengen lite kjent. Forsiktighet må utvises ved tendenser til nyrestein (pga. innholdet av oksalater) og ved hjerte- og lungesykdommer. Urten bør ikke brukes sammen med blodtrykksenkende midler, betablokker, digoxin eller beroligende midler.

Vær oppmerksom på at gjetertaske ofte er angrepet av en parasittisk sopp (Cystopus candidus) som inneholder et giftig alkaloid. Derfor bør man bare samle helt friske planter.