Basilikum kan forsterke virkningen av insulin og blodsukkersenkende medisiner, og samtidig bruk av basilikum i terapeutiske doser og slike medisiner bør derfor unngås. Urten må i det hele tatt brukes med forsiktighet av diabetespasienter. Brukt i kulinariske mengder er det sjelden problemer knyttet til basilikum, men man kan kanskje unnlate å bruke store mengder over lang tid.

Basilikum inneholder omkring 0,5 % eterisk olje med opptil 85 % estragol. Estragol har, etter å ha blitt aktivert gjennom metabolismen, vist seg å ha mutagen effekt. Dyreforsøk indikerer en kreftfremkallende virkning, men dette krever videre studier for å kunne verifiseres. På grunn av det høye innholdet av estragol i den eteriske oljen, bør oljen (eller urten i medisinske doser) ikke brukes under graviditet og amming, og heller ikke gis til spedbarn og mindreårige.

Brukt utvortes kan den eteriske oljen irritere huden og den bør ikke brukes ufortynnet annet enn lokalt på vorter og insektstikk. Det finnes imidlertid flere typer av basilikumolje, og det er kjemotypen med mye linalol (kalt søt basilikumolje) som er den mest anvendelige. En annen kjemotype, kalt karvikolbasilikum (orientalsk basilikum), bør brukes med stor forsiktighet. Den er noe giftig og svært hudirriterende. Da bare et fåtall distributører av eteriske oljer skiller mellom disse typene, bør eterisk olje av basilikum doseres varsomt for å unngå eventuelle skadevirkninger.

Vær oppmerksom på at denne forestillingen ikke erstatter å gå til lege eller naturopat.